通過20年的不斷積累，西藏藏醫(yī)學院依托傳統(tǒng)藏醫(yī)藥學理論體系，集中優(yōu)勢力量，不斷調(diào)整專業(yè)結(jié)構(gòu)，逐步形成了藏醫(yī)和藏藥兩大特色本科專業(yè)建設(shè)點。學院還圍繞這兩大特色專業(yè)，從學科方向、實驗室建設(shè)和學術(shù)梯隊建設(shè)方面不斷完善，構(gòu)建了符合現(xiàn)代藏醫(yī)藥高等教育發(fā)展的學科建設(shè)體系。

    結(jié)合現(xiàn)代西藏藏醫(yī)藥事業(yè)的發(fā)展，西藏藏醫(yī)學院積極在學科方向的建設(shè)與調(diào)整上下功夫，積極與新生的營銷、護理等學科融合滲透，尋找新的學科生長點，形成了以藏醫(yī)、天文星算（大專）、藏醫(yī)護理（大專）為方向的藏醫(yī)系和以藏藥、藏藥營銷為方向的藏藥系。學科專業(yè)設(shè)置既充分體現(xiàn)區(qū)域特色和自身優(yōu)勢，又緊跟時代步伐，為古老的藏醫(yī)藥教育注入了新的活力。學院藏醫(yī)學專業(yè)現(xiàn)已成為國家特色專業(yè)建設(shè)點，藏藥學專業(yè)成為西藏自治區(qū)特色專業(yè)建設(shè)點。同時學院還有1個藏醫(yī)學碩士授權(quán)點和1個藏藥學國家級重點學科，其中藏醫(yī)學碩士授權(quán)點與北京中醫(yī)藥大學聯(lián)合培養(yǎng)藏醫(yī)學博士。

    學院注重發(fā)揮藏醫(yī)藥實驗室、教學基地在學科建設(shè)中的服務(wù)作用，初步形成了具有藏醫(yī)藥學科專業(yè)特色的各類實驗室。目前，學院擁有藏醫(yī)學基礎(chǔ)實驗室、藏藥學基礎(chǔ)實驗室、藏醫(yī)藥重點實驗室、藏醫(yī)藥與高原生物重點實驗室4個省部級以上科研平臺；擁有藏藥新藥實驗室、藏醫(yī)臨床實驗室、藏藥種植實驗室、傳統(tǒng)藏藥炮制工藝實驗室4個中央與地方共建高校特色優(yōu)勢學科實驗室建設(shè)項目。學院還擁有1所專家門診、1個藏藥廠、2個采藥認藥基地、5個教學醫(yī)院、1個非直屬附屬醫(yī)院、1個非直屬教學藥廠等重要教學實習基地。這些實驗室的建成和實習基地的完善從根本上滿足了藏醫(yī)藥現(xiàn)代化的教育，為加快學院學科專業(yè)建設(shè)步伐奠定了硬件基礎(chǔ)。

    學科隊伍建設(shè)是學科建設(shè)的關(guān)鍵。在多年的辦學實踐中，學院下大力氣建設(shè)合理的學科梯隊。目前，已擁有一支以國內(nèi)外著名藏醫(yī)藥專家、學者為主體的學科隊伍。其中，博士生導師3人、碩士生導師26人，全國藏醫(yī)藥醫(yī)師資格考試命題首席專家1人，國家和西藏自治區(qū)藥品評審專家2人，國家非物質(zhì)文化保護遺產(chǎn)傳承人5人，為有效開展學科建設(shè)打下了雄厚的人才力量儲備。

    學院還積極從課程建設(shè)和教材建設(shè)入手，進行教學改革，強化學科建設(shè)。學院現(xiàn)有藏醫(yī)人體學、藏醫(yī)內(nèi)科學、藏醫(yī)外治學、藏醫(yī)外傷學、藏藥植物學、藏醫(yī)藥理學、天文星算學7門自治區(qū)級精品課程，還有藏醫(yī)三大基因?qū)W、藏醫(yī)保健學、藏醫(yī)臨床技能等10門學校級精品課程。學院積極組織力量編寫適合西藏教學特點的教材，所編寫的全國第一套共24本藏醫(yī)本科教材、全國第一部《藏醫(yī)專業(yè)本科教學大綱》，分別獲西藏自治區(qū)教學成果一等獎和國家教學成果二等獎；《四部醫(yī)典·大詳解》榮獲13屆中國圖書獎、西藏自治區(qū)科技進步一等獎、國家科技進步二等獎；《21世紀藏醫(yī)本科教育規(guī)劃教材》、《21世紀藏藥本科教育規(guī)劃教材》榮獲西藏自治區(qū)優(yōu)秀教學成果一等獎。2008年，學院完成了國家中醫(yī)藥管理局“21世紀藏藥專業(yè)本科規(guī)劃教材”的編寫；2009年《21世紀藏醫(yī)本科教育規(guī)劃教材課程教學大綱》又榮獲西藏自治區(qū)教學成果二等獎。目前，《藏醫(yī)放血、火灸療法實踐教學光盤制作》、《植物藏藥材野外實踐教學指導用書編寫》、《民族醫(yī)學（藏醫(yī)）專業(yè)碩士研究生課程體系與教學模式研究》等首批10項教改課題被批準立項。一大批課程設(shè)置和教材建設(shè)成果為有效實施藏醫(yī)藥人才培養(yǎng)發(fā)揮了積極的作用。